肺炎双球菌是一种致病菌，能使人患肺炎；乳酸杆菌是有益菌，制作酸奶和泡菜要用到乳酸杆菌；甲烷杆菌能分解污水中的有机物，产生甲烷，净化污水；软腐细菌是引起白菜等多种蔬菜发生软腐病的细菌；醋酸杆菌发酵能产生醋酸，制醋要用到醋酸杆菌；枯草杆菌是一种腐生菌，能是动植物体腐烂；结核杆菌是致病菌，使人患肺结核；根瘤菌能固定空气中的氮，供豆科植物利用，因此人们常把豆科植物与其它植物套种在一起，就是利用了豆科植物根中的根瘤菌的固氮作用；痢疾杆菌是致病菌，能使人患痢疾；葡萄球菌多数为非致病菌，少数可导致疾病，葡萄球菌是最常见的化脓性球菌，是医院交叉感染的重要来源．可见D符合题意．

故选：D