参考答案：A,D

解析： 本题考核行政诉讼被告和管辖。
经复议的案件，复议机关改变原具体行政行为的，复议机关是被告。本案中，县政府在征收总额中补充列入遗漏的5000元未婚生育社会抚养费，属于对原具体行政行为的改变，此案应以复议机关即县政府为被告。所以选项A正确，选项B错误。
除以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件外，被告为县级以上人民政府的案件，属于应当由中级人民法院管辖的第一审行政案件。本题中，被告为县政府，且不属于“以县级人民政府名义办理不动产物权登记的案件”，故此案应由中级法院管辖。所以选项C错误，选项D正确。
行政复议机关在申请人的行政复议请求范围内，不得作出对申请人更为不利的行政复议决定。本题中，县政府在征收总额中补充列入遗漏的费用，作出了对申请人更为不利的行政复议决定，故该复议决定违法，法院应当判决确认复议决定违法。所以选项E错误。