参考答案：
(1) 将“运输收入”等收入明细账与营业税纳税申报表及有关的发票、收款单据等原始凭证核对，审查已实现的营运业务收入是否及时足额申报纳税，有无收入不及时入账，漏报收入或以收抵支的现象。
(2) 有无将应税运营收入记入“营业外收入”、“其他业务收入”账户，少计收入、少缴税款的现象。
(3) 审查“应付账款”、“预收账款”等科目相应的原始凭证，看有无将已实现的运营收入长期挂账，不作收入处理的现象。
(4) 审查“运输支出”、“装卸支出”等支出类明细账，是否存在以收入直接冲减费用支出，少计收入的现象。
(5) 交通运输企业从事国际运输业务，可以全程运费扣除付给以后其他国际运输企业的客货运费后的实际运费收入为营业额；从事联运业务，可以全程运费扣除付给以后承运企业的运费、装卸费、换装费等后的余额为营业额。对有类似业务的运输企业，应重点审查税前扣除的依据，必须是对方填开的运输发票或税务机关认可的抵扣凭证。