A、氯酸钾是由钾、氯、氧三种元素组成；故A不正确；

B、二氧化硫是由硫、氧两种元素组成的；故B正确；

C、氧气是由氧元素组成的单质；故C不正确；

D、高锰酸钾是由钾、锰、氧三种元素组成的；故D不正确．

故选B