参考答案：1．工程师的拒绝正确。其原因是：
该部分的工程量超出了施工图的要求，一般地讲，也就超出了工程合同约定的工程范围。对该部分的工程量，工程师可以认为是承包商的保证施工质量的技术措施，一般在业主没有批准追加相应费用的情况下，技术措施费用应由乙方自己承担。
2．变更价款的确定原则：
(1)合同中已有适用于变更工程的价格，按合同已有的价格计算、变更合同价款；
(2)合同中只有类似于变更工程的价格，可以参照类似价格变更合同价款；
(3)合同中没有适用或类似于变更工程的价格，由承包商提出适当的变更价格，工程师批准执行，这一批准的变更价格，应与承包商达成一致，否则按合同争议的处理方法解决。
3．工程师应对两项索赔事件作出处理如下：
(1)对处理孤石引起的索赔，这是预先无法估计的地质条件变化，属于甲方应承担的风险，应给予乙方工期顺延和费用补偿。
(2)对于天气条件变化引起的索赔应分两种情况处理：
①对于前期的季节性大雨，这是一个有经验的承包商预先能够合理估计的因素，应在合同工期内考虑，由此造成的时间和费用损失不能给予补偿。
②对于后期特大暴雨引起的山洪暴发不能视为一个有经验的承包商预先能够合理估计的因素，应按不可抗力处理由此引起的索赔问题。被冲坏的现场临时道路、管网和施工用房等设施以及已施工的部分基础，被冲走的部分材料，清理现场和恢复施工条件等经济损失应由甲方承担；损坏的施工设备，受伤的施工人员以及由此造成的人员窝工和设备闲置等经济损失应由乙方承担；工期顺延。