参考答案：(1)乙公司可以与甲公司协商将该工程折价或者请求人民法院拍卖。《合同法》第286条规定，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，除按照建设工程的性质不宜折价、拍卖的以外，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖。
(2)根据《合同法》第286条的规定，乙的建设工程的价款享有就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿的权利。
(3)乙不能主张折价或者拍卖。因为根据《合同法》第286条的规定，按照建设工程的性质不宜折价或者拍卖的，属于例外。学校急需的教室即属于此类。