参考答案：(1)该工程招标过程中的不妥之处。
①不妥之处：对省内与省外投标人提出了不同的资格要求。
理由：《招标投标法》规定，对于公开招标应当平等地对待所有投标人，不得以不合理条件限制或排斥潜在投标人，不得对潜在投标人实行歧视待遇。
②不妥之处：投标截止时间与开标时间不同。
理由：《招标投标法》规定开标应当在提交投标文件截止时间的同一时间公开进行。
③不妥之处：由招标办主持举行开标会。
理由：《招标投标法》规定应由招标人或其代理人主持开标会。
④不妥之处：乙承包单位提交投标保证金的时间在投标截止时间之后。
理由：投标保证金是投标书的组成部分，应在投标截止日前提交。
(2)招标人招标失败造成投标单位损失不予补偿。
理由：招标公告在合同法律制度中属于要约邀请，是希望他人向自己发出要约的意思表示。要约邀请并不是合同成立过程中的必经过程，它是当事人订立合同的预备行为，在法律上无须承担责任。因此，招标对招标人不具有合同意义上的约束力，不能保证投标人中标。