A、甲烷细菌是微生物学领域内某一类特殊细菌的统称，这类细菌的主要特点是可以通过新陈代谢释放出甲烷气体，人类利用甲烷气体做饭、照明，既解决了燃料困难，又减少了环境污染，故甲烷细菌对人类是有益的；

B、乳酸细菌可以使乳糖转化成乳酸，制酸奶、酸黄瓜、奶酪等，对人类有益；

C、根瘤菌可以把空气中不能被植物直接利用的游离态的氮气固定下来为植物所利用，故对人类是有益的；

D、软腐病细菌性软腐病是园艺植物上一种重要的细菌病害，尤其在十字花科蔬菜上危害最重，故软腐病细菌对人类是有害的；

故选D