在自然界中动物、植物的遗体、遗物不会一直保留着，因为大量的腐生细菌、真菌等会把动物、植物的遗体遗物分解成二氧化碳、水和无机盐等，归还土壤，供植物重新利用，可见它们作为分解者促进了自然界中的物质循环．如题干中小明把家里死的小金鱼埋在一棵树旁的土里，过了一段时间他又挖开土去看小金鱼，可小金鱼已不见了，其原因就是被土壤中的腐生细菌等微生物给分解掉了．故D符合题意．

故选：D．