参考答案：B

解析：

选项A：铁路线路占用的耕地，减按每平方米2元的税额征收耕地占用税；

选项C：军事设施占用耕地，免征耕地占用税；

选项D：国家机关新建办公楼占用的耕地，应按规定缴纳耕地占用税。