参考答案：

蛋白质测序仪获得的蛋白质序列信息主要应用在以下三个方面。

（1）新蛋白质的鉴定：在凝胶电泳中出现的未知条带可以利用蛋白质测序仪来测定其序列，为探索蛋白质的功能提供线索。

（2）分子克隆探针的设计：是蛋白质序列信息的基本用途之一。用蛋白质序列信息设计PCR引物和寡核苷酸探针。可以利用这些探针进行cDNA文库或基因组文库的筛选。

（3）抗原的人工多肽合成：由合成多肽免疫产生的抗体常用来证实和纯化新发现的蛋白质。此外，合成的多肽类似物能够揭示蛋白质重要结构特征和提示蛋白质的功能特性。