参考答案：

（1）修改权属于村民会议。村民自治章程的修改权只属于村民会议，村民委员会无权修改，只能提出建议修改意见。

（2）修改应提出理由。村民委员会提请村民会议讨论修改村民自治章程时，必须向会议报告修改的理由。

（3）公布实施。村民委员会要将新修订的村民自治章程，用公告的形式向全体村民公布，原章程废止，并报乡（镇）人民政府备案。