A、在生活污水和工业废水中有很多有机物，可以被细菌利用，在无氧的环境中，一些杆菌和甲烷菌等细菌通过发酵把这些物质分解，产生甲烷，可以燃烧，用于照明、取暖等，是一种清洁的能源，在有氧的环境中细菌把有机物分解成二氧化碳和水等，从而起到净化污水的作用．不符合题意．

B、有的真菌能引起多种疾病，有的真菌却可以产生杀死某些致病细菌的物质，这些物质被称为抗生素，抗生素可以用来治疗相应的细菌性疾病．如青霉素是一种著名的抗生素，它是由真菌中的青霉菌产生的，可以治疗多种细菌性疾病．不符合题意．

C、微生物的发酵在食品的制作中有重要作用，如酿酒、做面包、蒸馒头等离不开酵母菌，酿酒时在无氧的条件下，酵母菌能把葡萄糖分解成酒精和二氧化碳；蒸馒头、做面包时酵母菌分解有机物产生二氧化碳和水，二氧化碳遇热膨胀，使馒头、面包暄软多孔．不符合题意．

D、细菌、真菌等微生物的种类多种多样，大多数细菌、真菌等微生物对人类是有益的，如微生物的发酵在食品的制作中有重要的意义．乳酸杆菌是有益菌，制作酸奶和泡菜要用到乳酸杆菌；甲烷杆菌能分解污水中的有机物，产生甲烷，净化污水．少数微生物对人类是有害的，有些微生物能使人或其他生物患病，肺炎双球菌是一种致病菌，能使人患肺炎．符合题意．

故选：D．