A、乳酸菌是一种有益菌，制酸奶和泡菜都要用到乳酸菌．不符合题意．

B、枯草杆菌  枯草杆菌在污水处理及生物肥发酵或发酵床制作中应用相当广泛，是一种多功能的微生物．不符合题意．

C、根瘤菌    在豆科植物的根瘤中，有能够固氮的根瘤菌与植物共生，根瘤菌将空气中的氮转化为植物能够吸收的含氮物质，从而使得植物生长良好，而植物则为根瘤菌提供有机物，它们互惠互利，共同生活．不符合题意．

D、链球菌  是一种致病菌，能使人或动物患肺炎．符合题意．

故选：D