∵n+S（n）=2009，

∴自然数n肯定一个四位数，

设这个自然数的千位、百位、十位、个位上的数字分别为a、b、c、d．（a、b、c、d分别为小于10的自然数，a≠0）

即n=1000a+100b+10c+d；

∵n+S（n）=2009，n的所有数字之和记为S（n），

∴1001a+101b+11c+2d=2009，

∴a=1或a=2，

当a=1时，101b+11c+2d=1008，只有b=9时，等式才可能成立，

∴11c+2d=99，

∵c，d为小于10的自然数，

∴c=9，d=0，

当a=2，

∴101b+11c+2d=7，

∴b=0，c=0，则2d=7，

而d为自然数，

∴d不存在；

所以a=1，b=9，c=9，d=0，

即这个自然数为1990．

故答案为：1990．