A、水中不含有碳元素，不属于有机物．故选项错误；

B、二氧化碳中虽然含有碳元素，但是二氧化碳的性质和无机物相似，属于无机物．故选项错误；

C、甲烷中含有碳元素，属于有机物．故选项正确；

D、碳酸钙中虽然含有碳元素，但是碳酸钙的性质和无机物相似，属于无机物．故选项错误；

故选C．