A、有的细菌和真菌是有益的，有的是有害的，有害菌我们也不能将其灭绝，因为一种生物就是一个基因库，我们要保护基因的多样性．故A错．

B、用白僵菌防治松毛虫、玉米螟等农业害虫既可以消灭害虫，还无污染，具有重要的环保意义．故B正确．

C、芽孢是细菌的休眠体，可以帮助细菌度过不良的环境，细菌是分裂生殖．故C错误．

D、蘑菇属于大型真菌，有的含有丰富的营养物质，可以食用，有的是有毒的，不能食用，要认真区分．故D错误．

故选：B