参考答案：招标人在招标过程中的不妥之处和理由如下：
(1)不妥之处；招标人于2004年3月19日进行施工招标。
理由：该项目建设资金没有全部落实，不具备施工招标所需的设计图纸。
(2)不妥之处：招标人向两家施工单位发出了投标邀请书。
理由：《招标投标法》规定，进行邀请招标时，必须向不少于3家的投标人发出投标邀请书。