①x²+y²两平方项符号相同，不能运用公式；

②-x²+y²=（y+x）（y-x），两平方项符号相反，能运用平方差公式；

③-x²-y²两平方项符号相同，不能运用公式；

④x²+xy+y²，乘积项不是二倍，不能运用完全平方公式；

⑤x²+2xy-y²两平方项符号相反，不能运用完全平方公式；

⑥-x²+4xy-4y²=-（x²-4xy+4y²）=-（x-y）²，整理后可以利用完全平方公式．

所以②⑥两项能用公式法分解因式．

故选A．