调查法是科学探究的常用方法之一，尽可能全面或比较全面的收集研究对象的某一方面的各种材料，并作出分析、综合，得到某一结论的研究方法，它的目的可以是全面的把握当前的状况．样本的选取要有代表性、典型性、随机性．因此选取宁国部分城市中学的学生或选取宁国部分农村中学的学生，样本不全面，没有代表性；宁国市所有的初中学生数量很大，调查难度大，而中学生近视发病率的精确度要求不是很高而且没有不要进行全面调查．因此最合理的方案是选取宁国部分农村和城市中学的学生作为样本进行调查和分析．

故选：D．