参考答案：D

解析： 定金和违约金
根据《担保法》第九十一条的规定，定金的数额由当事人约定，但不得超过主合同标的额的百分之二十。《担保法解释》第一百二十一条规定，当事人约定的定金数额超过主合同标的额百分之二十的，超过的部分，人民法院不予支持。题目中，主合同的标的额为40万元，因此定金数额不得超过8万元，双倍返还16万元。所以，选项AB错误。
《合同法》第一百一十六条规定，当事人既约定违约金，又约定定金的，一方违约时，对方可以选择适用违约金或者定金条款。本题中，甲公司违约，乙公司可以选择适用违约金或者定金条款，但不能同时适用。所以，选项D正确，C错误。