细菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质和DNA集中的区域，没有成形的细胞核，没有叶绿体；真菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，没有叶绿体．因此细菌与真菌的根本区别在于真菌具有成形细胞核，细菌没有成形的细胞核，只有DNA集中的区域．酵母菌、黄曲霉、蘑菇有成形的细胞核是真菌；根瘤菌是没有成形的细胞核是细菌．

故选：A．