参考答案：A, B, D

解析：

符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：房地产开发项目全部竣工、完成销售的；整体转让未竣工决算房地产开发项目的；直接转让土地使用权的。选项C属于主管税务机关可要求纳税人自行土地增值税清算，而不是纳税人应进行土地增值税的清算。