A、小孔成像是由于光的直线传播形成的，故A合题意；

B、瓶子在平面镜中的像是由于光的反射形成的，故B不合题意；

C、荷花在水中的倒影是由于光的反射形成的，故C不合题意；

D、铅笔好像折断了是由于光的折射形成的，故D不合题意．

故选A．