A、通过潜望镜看到海上的船只，是平面镜成像现象，故属于光的反射．故本选项不符合题意．

B、小孔成像是光在同一均匀介质中沿直线传播形成的．故本选项不符合题意．

C、水面相当于平面镜，水中的倒影是平面镜成像现象，故属于光的反射．故本选项不符合题意．

D、池底的光线由水中进入空气时，在水面上发生折射，折射角大于入射角，折射光线进入人眼，人眼会逆着折射光线的方向看去，就会觉得池底变浅了，故该选项正确．

故选D．