参考答案：B

解析：

当年SCI收录论文总数=[*]，故2003—2006年，每年SCI收录论文总数分别为[*]≈11339(篇)；2004年，[*](篇)．2005年，[*](篇)；2006年，[*](篇)。即2004年SCI收录论文总数最少，故本题正确答案为B。