A、只含一种元素的物质不一定是纯净物，如氧气和臭氧的混合物中只含有一种元素，属于混合物．

B、由分子构成的物质，若只含有一种分子一定属于纯净物．

C、含有一种原子的物质不一定是纯净物，如金刚石和石墨的混合物中只含有碳原子一种原子，属于混合物．

D、只有两种元素其中一种是氧元素的物质不一定是纯净物，如过氧化氢和水的混合物中只有两种元素，其中一种是氧元素，属于混合物．

故选B．