参考答案：B, D, E

解析：企业物流系统构成的垂直结构包括管理层、控制层和作业层。物流系统通过这三个层次的协调配合实现其总体功能。管理层是对整个物流系统进行统一的计划、实施和控制；控制层是控制物料流动过程；作业层是完成物料的时间转移和空间转移。