A、噬菌体又叫细菌病毒，属于病毒，病毒无细胞结构，故不符合题意；

B、酵母菌属于真菌，细胞内有成形的细胞核，故不符合题意；

C、衣藻是单细胞生物，有细胞结构，且细胞内有成形的细胞核，故不符合题意；

D、根瘤菌属于细菌，有细胞结构，但细胞内无成形的细胞核，故符合题意；

故选：D