A、有的纯净物是由分子构成，有的纯净物是由原子构成，有的纯净物是由离子构成，故A错；

B、纯净物是由一种物质组成，由分子构成的物质中，由同种分子构成的物质，只有一种物质组成，一定是纯净物，故B正确；

C、质量分数为99.99%的硅中含有其它物质，属于混合物，故C错；

D、由同种元素组成的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧组成混合物，故D错．

故选B．