微生物有很多种，单细胞的生物都属于微生物，例如：单细胞植物：衣藻，单细胞动物：草履虫，还有细菌真菌．生态系统由非生物成分和生物成分两种，生物成分分为生产者、消费者和分解者；细菌真菌扮演生态系统的分解者，植物扮演生产者，动物就扮演消费者．

A、直接或间接以植物为食的是生态系统的消费者，包括各种动物，故不符合题意．

B、分解者是指细菌和真菌等营腐生生活的微生物，它们能将动植物残体中的有机物分解成无机物归还无机环境，促进了物质的循环，故符合题意．

C、生产者主要指绿色植物，能够通过光合作用制造有机物，为自身和生物圈中的其他生物提供物质和能量，故不符合题意．

D、吸收二氧化碳，放出氧气的主要指绿色植物的光合作用，绿色植物是生态系统的生产者，故不符合题意．

故选：B