A、透明的液体不一定是纯净物，例如氯化钠溶液是透明的液体，但是氯化钠溶液不是纯净物．错误；

B、软水不一定是纯净物，软水是含有较少或不含有钙离子、镁离子的水，如果水中含有较少的钙离子、镁离子时，属于软水，这种软水属于混合物．错误；

C、硫在过量的氧气中燃烧得到的物质中，既有生成的二氧化硫，又有剩余的氧气，属于混合物．错误；

D、将过氧化氢和二氧化锰混在一起完全反应后分离出来的液体是水，水属于纯净物．正确．

故选D．