答案：D

题目分析：细菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质和DNA集中的区域，没有成形的细胞核，没有叶绿体，真菌的基本结构有细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核，没有叶绿体，因此细菌与真菌的根本区别在于真菌具有成形细胞核，细菌没有成形的细胞核，只有DNA集中的区域，酵母菌是真菌，因此在显微镜下看到细胞内有成形的细胞核的是酵母菌，而细胞内没有成形的细胞核的是细菌。