A、纯净物中只含有一种物质，只含有一种元素的物质不一定是纯净物，例如氧气和臭氧只含有一种元素，但是混合物，故说法错误；

B、化合物是由不同种元素组成的纯净物，故说法正确；

C、混合物是由不同种物质组成的，而物质可以是分子构成的，也可以是原子或离子构成的，因此混合物不一定由不同种分子构成，故说法错误；

D、化合物一定是纯净物，含氧元素的物质不一定是纯净物，例如空气中含有氧元素，但不属于化合物，故说法错误；

故选B．