答案：D

题目分析：细菌与真菌的根本区别在于真菌具有成形细胞核，细菌没有成形的细胞核，只有DNA集中的区域。酵母菌是真菌，因此在显微镜下会看到细胞内有成形的细胞核，而细菌内没有成形的细胞核。

故D符合题意。