答案：A

题目分析：考查时态。By引导的时间状语从句与完成时连用，如果by后面的时间是现在的时间，那么使用现在完成时；如果By后面的时间是过去的时间，使用过去完成时；如果by后面的时间是将来的时间，使用将来完成时。本题By后面的时间是the time Billy was 6,表示的是过去的时间，故使用过去完成时。句意：当Billy6岁的时候，他已经能够在海里游泳了。故A正确。

点评：By引导的时间状语从句与完成时连用，如果by后面的时间是现在的时间，那么使用现在完成时；如果By后面的时间是过去的时间，使用过去完成时；如果by后面的时间是将来的时间，使用将来完成时。