A、长江中所有的鱼，只包括了生物部分的部分动物，没有其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

B、水稻田里的一切植物和动物，缺少分解者和环境，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

C、长江中一切生物，只包括了生物部分，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，不符合题意．

D、福建的“母亲河”-闽江既包括了闽江所在的环境，又包括了此环境中的所有生物，符合生态系统的概念，符合题意．

故选D