A、当月球到了地球和太阳的中间，有一部分太阳光无法射到地球上面，在地球上便有一块区域出现了阴影，这就是日食，都是由于光的直线传播形成的，不符合题意；

B、小孔成像是由于光的直线传播形成的，不符合题意；

C、影子是由于光照射到不透明的物体形成的阴影部分，是由于光的直线传播形成的，不符合题意；

D、闪电和雷是同时发生的，先看见闪电后听到雷，是因为光速远远大于声速，不能说明光在同种物质中沿直线传播的现象，符合题意．

故选D．