A、漳河水库中所有的鱼，只包括了部分动物，没有植物、细菌真菌等其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，A不正确；

B、仙居乡全部的仙居红萝卜只是一个种群，没有植物、细菌真菌等其它生物，也没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，B不正确；

C、文明湖中所有的生物只是一个群落，没有环境部分，不能构成一个完整的生态系统，C不正确；

D、东宝山林区，即包括了林区所在的环境，又包括了此环境中所有的生物，是一个完整的生态系统，D正确．

故选：D．