微生物的生活需要适宜的温度、水分和营养物质，由题意可知，馒头放的时间长了和水果腐烂了以后，其上有很多有机物，馒头和水果中的营养能满足微生物的生长和繁殖，使其数量大增，形成菌落，细菌的菌落较小，而真菌的菌落一般较大，如“毛状“，因此馒头上会长出许多黑色、红色或白色的斑点是真菌的菌落．

故选D