C

题目分析：考查时态。By要和完成时连用，如果by后面的句子使用一般过去时，主句使用过去完成时的形式。句意：到一些科学家分析那些失踪的城镇的时候，他们已经发现了这些有历史意义的遗址。故C正确。

点评：连词by到…时为止；该词经常与完成时连用，如果后面是现在的时间，句中就使用现在完成时；如果后面是过去的时间，就使用过去完成时；如果后面是将来的时间，就使用将来完成时。