A、单质可能由分子构成，也可能由原子构成，如金属是由原子直接构成的，故A错误．

B、化合物可能由分子直接构成，也可能有离子构成，如绝大多数的盐是离子构成的，故B错误．

C、同一种分子构成的物质是一种物质，则一定是纯净物，故C正确．

D、混合物中至少有两种分子，则只有一种分子的不是混合物，故D错误．

故选C．