答案：D

题目分析：考查时态。本题的关键词是by，该词通常与完成时连用，句意：到他起床的时候，我已经在工厂里工作了两个小时了。他起床使用了过去时got up，我工作两个小时是在此之前，故使用了过去完成进行时的时态。故D正确。

点评：连词by到…时为止；该词经常与完成时连用，如果后面是现在的时间，句中就使用现在完成时；如果后面是过去的时间，就使用过去完成时；如果后面是将来的时间，就使用将来完成时。