参考答案：B, C, E

解析：机电工程签章文件中的合同管理文件包括：分包单位资质申报表、工程分包合同、劳务分包合同、材料采购总计划表、工程设备采购总计划表、工程设备、关键材料招标书和中标书、合同变更和索赔申请报告。因此，A工程变更费用报告和D工程竣工报告不包括在合同管理签章文件中。