A、纯净物是指由一种物质组成的物质，可以由一种元素组成的物质，也可以由多种元素组成的物质，只含有一种元素，可能属于混合物，例如氧气和臭氧，故A错误；

B、单质是由同种元素组成的纯净物，只含有一种元素可能属于混合物，也可能属于单质，如氧气和臭氧组成的物质中只含有一种元素，故含有一种元素的物质不一定是单质，故B错误；

C、混合物指由多种物质组成的物质，只含有一种元素可能属于混合物，也可能属于单质，如氧气中只含有一种氧元素的纯净物，属于单质，故含有一种元素的物质不一定是混合物，故C错误；

D、化合物是指由不同元素组成的纯净物，至少有两种元素，所以只含有一种元素一定不是化合物，故D正确；

故选D．