A、化合物是由不同元素组成的纯净物，由不同元素组成的物质不一定是纯净物，例如氯化钠和二氧化碳放在一块属于混合物，故A错；

B、氧化物是由两种元素组成，一种元素是氧元素的化合物，含有氧元素的化合物不一定由两种元素组成，故B错；

C、化合反应必须是反应物是多种，生成物是一种，燃烧的生成物不一定是一种，例如蜡烛燃烧生成二氧化碳和水，故C错；

D、构成物质的基本微粒有分子、原子、离子，故分子是构成物质的一种微粒，故D正确．

故选D．