（1）农作物在生长过程中通过光合作用制造有机物，并将光能储存在这些有机物内，秸秆在燃烧时放出的热量就是作物在生长过程中通过光合作用贮存的太阳能．

（2）自然界中的物质分为无机物和有机物两大类，有机物是指能够燃烧的物质；秸秆中能够燃烧的物质就是植物通过光合作用制造的有机物，秸秆燃烧时产生的二氧化碳、二氧化硫、二氧化氮等气体散失到大气中，造成大气污染．

（3）秸秆燃烧后留下的少量草木灰是无机物，这些物质是植物在生长过程中由植物的根从土壤中吸收的无机盐，根具有吸收作用的部位主要是的根尖的成熟区．

故答案为：（1）光合

（2）有机物；大气

（3）土壤；无机盐；根尖成熟区