参考答案：

恢复源较窄、强优势组合选出率低，细胞质负效应，单一胞质容易引起病害大流行等。另外在不育系种子繁殖过程中，不育系和保持系很难在开花前区分开（不育系不包颈），不育系种子纯度无法保证。