比较法是通过观察，分析，找出研究对象的相同点和不同点，它是认识事物的一种基本方法，是研究动物行为的主要方法．亲缘关系越近，生物之间的相似性越大，细胞色素C的氨基酸组成差异越小．

（1）通过上表数据的比较可知：人类与黑猩猩细胞色素C的氨基酸差异数最小是0，因此二者的亲缘关系最近；人类与动物金枪鱼的细胞色素C的氨基酸差异数最大是21，因此与人类亲缘关系最远的动物是金枪鱼．

（2）根据氨基酸个数与人类的区别可知，上表写出以上六种动物在进化历程中的地位由低级到高级的顺序：金枪鱼→响尾蛇→鸡→狗→猕猴→黑猩猩．

（3）生物分类是研究生物的一种基本方法．生物分类主要是根据生物的相似程度（包括形态结构和生理功能等），把生物划分为种和属等不同的等级，并对每一类群的形态结构和生理功能等特征进行科学的描述，以弄清不同类群之间的亲缘关系和进化关系．分类的依据是生物在形态结构、内部构造和生理特征等方面的特征．分类的基本单位是种．分类等级越高，所包含的生物共同点越多；分类等级越低，所包含的生物共同点越少．了解生物的多样性，保护生物的多样性，都需要对生物进行分类．

（4）大多数生物都具有氨基酸组成的细胞色素C，这说明这些生物之间都具有一定的亲缘关系，细胞色素C的氨基酸组成差异越小，表明它们的亲缘关系越近．因此动物植物都具有细胞色素C的事实能够说明动植物有共同的祖先．

故答案为：

（1）黑猩猩；酵母菌．

（2）金枪鱼→响尾蛇→鸡→狗→猕猴→黑猩猩．

（3）A．

（4）动植物有共同的祖先．