2005年1月，甲房地产开发公司(下称甲公司)就一商品楼开发项目与乙建筑公司(下称乙公司)签订建筑工程承包合同。该合同约定：由乙公司作为总承包商承建该商品楼开发项目，甲公司按工程进度付款；建筑工期为2年。2005年7月，甲公司与丙银行签订借款合同，该合同约定：甲公司向丙银行借款5000万元，借款期限1年；同时约定将在建的商品楼作为借款的抵押担保，甲公司与丙银行共同办理了抵押登记手续。
由于甲公司资金不足，不能按期向乙公司支付工程款项，该建筑工程自2005年6月起停工。甲公司欠付乙公司材料款800万元、人工费400万元，甲公司依合同应承担违约金200万元。乙公司多次催要未果。乙公司为追索欠款和违约金，于2006年8月诉至法院，申请保全在建商品楼，并根据合同法的有关规定要求拍卖受偿。丙银行因甲公司逾期未还借款也于2006年8月向法院提起诉讼，并对甲公司在建商品楼主张抵押权。
要求：根据上述内容，回答下列问题。
甲公司以在建商品楼作为借款的抵押担保是否有效并说明理由。
